El Fondo Editorial de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos tiene como misión la producción y difusión de libros y revistas, físicos y digitales, de alto valor científico, académico y humanístico, en las áreas de Ciencias de la Salud, Ingenierías, Ciencias Básicas, Humanidades, Ciencias Jurídicas y Sociales, y Ciencias Económicas. Estas publicaciones representan el firme compromiso de nuestra casa de estudios con la promoción de la cultura y la investigación disciplinaria en un contexto de globalización.

El Fondo Editorial viene realizando importantes esfuerzos por recuperar la posición de la UNMSM en el mundo de la cultura impresa. Hasta hace no mucho tiempo, el Fondo Editorial era una dependencia cuya única función era registrar el código ISBN y el depósito legal de las obras que sus autores deseaban publicar con el sello de la UNMSM. Los libros de los profesores y autores externos llegaban al Fondo Editorial terminados, diagramados, solo para solicitar que el Fondo les autorizara el uso del sello e hiciera el trámite formal de registro ante la Biblioteca Nacional del Perú. Y si bien muchos profesores de nuestra casa de estudios tenían el derecho de publicar con el escudo de la UNMSM, bajo la modalidad anterior, sus libros no pasaban por ningún proceso de calidad, ni académica ni editorial, que la Universidad pudiera ejercer. Esta modalidad hizo que se publicaran con el nombre de la UNMSM libros de diferente calidad, muchos de ellos de poco nivel académico; el resultado fue el desprestigio de un sello que había ganado visibilidad y posicionamiento en la década del 2000, y la disminución de proyectos editoriales presentados ante el Fondo Editorial de la UNMSM.